С 18 по 20 мая 2016 года на острове Крит состоялось второе заседание Всеправославного секретариата по подготовке Святого и Великого Собора. По благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла со стороны Русской Православной  Церкви в работе секретариата приняли участие: член секретариата протоиерей Николай Балашов, заместитель председателя Отдела внешних церковных связей; советник секретариата священник Александр Волков, руководительПресс-службы Патриарха Московского и всея Руси; сотрудник ОВЦС священник Анатолий Чуряков.

В ходе работы члены Всеправославного секретариата под председательством его координатора митрополита Швейцарского Иеремии (Константинопольский Патриархат) провели ряд совещаний и ознакомились с ходом подготовки места проведения Собора — Православной Академии на Крите.

Как ожидается, в день Святой Пятидесятницы Предстоятели Поместных Православных Церквей совершат совместную Божественную литургию в кафедральном соборе Критской архиепископии в честь великомученика Мины, а накануне праздника в храме святого апостола Тита будет совершено вечернее богослужение. Члены Секретариата осмотрели храмы и внесли предложения по организации торжественных богослужений.

На состоявшихся в Ираклионе, а затем в Православной Академии на Крите совещаниях обсуждались вопросы подготовки и организации работы Святого и Великого Собора, заседания  которого начнутся 20 июня, в День Святого Духа. Представители Поместных Православных Церквей затронули ряд протокольных и процедурных вопросов. Участники заседания также подробно обсудили принципы функционирования официального сайта Собора, который планируется открыть в ближайшее время. В том числе были сформулированы принципы аккредитации и работы прессы во время работы Собора.

Во время своего пребывания на Крите участники заседания были приняты архиепископом Критским Иринеем в Агарафском монастыре Успения Пресвятой Богородицы.